Rudolf Meiser kam als eines von vier Kindern des evangelischen Pfarrers Hans Meiser und der Elisabeth Meiser, geb. Killinger, zur Welt. Der Vater war bei seiner Geburt Pfarrer in München und von 1933 bis 1955 erster Landesbischof der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Bayern. Die Mutter war die Tochter eines Kaufmanns.

Nach der Ordination war er Pfarrer in Bamberg und Hof, dann Dekan in Regensburg. Von 1975 bis 1985 hatte er das Amt des Kreisdekans und Oberkirchenrats im Kirchenkreis Ansbach inne und war Mitglied des Landeskirchenrates der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Bayern.