Franz Xaver Unertl kam als Sohn von Bauersleuten in dem niederbayerischen Dorf Grottham zur Welt. Er besuchte die Volksschule und die Fortbildungsschule in Birnbach, anschließend die Landwirtschaftsschule in Passau und arbeitete dann auf dem Hof der Eltern mit. 1932 machte er sich als Gastwirt, Posthalter und Viehkaufmann selbstständig. Bis zur Machtübernahme der Nationalsozialisten 1933 war er führend im Bayerischen Jungbauernbund tätig. Während des Zweiten Weltkriegs war er von 1940 bis 1945 Kriegsteilnehmer.

1945 war er Mitbegründer der CSU in Birnbach. Er wurde Gemeinderat und 2. Bürgermeister sowie Kreisrat im Landkreis Griesbach und Mitglied des Kreissauschusses. Bei der Bundestagswahl im September 1953 zog er als Direktkandidat im Wahlkreis Vilshofen in den Deutschen Bundestag ein, dem er bis zu seinem Tod angehörte. Dort wurde er wegen seines volkstümlichen Auftretens und seiner Zwischenrufe allseits bekannt.

Unertl war Vorstandsmitglied des Bayerischen Viehhandelsverbandes, der Einkaufs- und Liefergenossenschaft Bayerischer Viehkaufleute sowie des Deutschen Viehhandelsbundes. Zudem war er 1952 Mitbegründer und dann deutscher Delegierter bei der Europäischen Viehhandelsunion. Von 1958 an gehörte er dem Verwaltungsrat der Deutschen Bundespost an.

	1968: Verdienstkreuz 1. Klasse der Bundesrepublik Deutschland
	1971: Orden wider den tierischen Ernst postum, gemeinsam mit Josef Ertl
	Benennung der Franz-Xaver-Unertl-Straße in Bad Birnbach

	Bayerisches Hauptstaatsarchiv StK BayVO 1137
	Hans-Michael Körner (Hrsg.): Große Bayerische Biographische Enzyklopädie, Band 3, München: Saur, 2005
	Rudolf Vierhaus, Ludolf Herbst (Hrsg.): Biographisches Handbuch der Mitglieder des Deutschen Bundestages 1949–2002, Band 2, München: Saur, 2002